整理的基本原则是：岩矿芯清洁、整洁，各种原始标记清楚、齐全，顺序不颠倒，次序不混乱。
包装的基本原则是：岩芯整齐紧密排列，运输过程中岩芯箱不能散乱，岩矿芯不能混乱。
一、准备工作
1、首先在室内由资料管理人员将选定的钻孔的野外地质编录本、钻孔柱状图、采样登记表等原始地质资料借出或调出，按要求进行复制，熟悉、摘录相关资料。统计钻孔各种口径的岩芯长度，供设计、计划制作岩芯箱用。
2、准备包装材料，采购、定做岩芯箱、岩芯牌、自封口透明塑料袋、塑料布、隔挡材料等。岩芯箱采用2cm厚的木板或复合板为包装材料。岩芯箱长度为100cm，宽、厚规格以岩矿芯直径大小为依据，设计码放适当数量岩芯的尺寸，一般30—40cm。制成的岩芯箱为封闭的和无隔挡的包装箱。
二、岩矿芯整理和包装
1、首先用清水和毛刷清洗、清洁岩矿芯，并清除外来混杂物。
2、检查岩矿芯是否有错乱，按顺序排放岩矿芯；再对回次岩矿芯长和各样品岩矿芯长；重新填写岩芯牌，用塑料薄膜包装的纸质岩芯牌替代原木质岩芯牌。
3、用红色油性笔补齐岩矿芯各种标记，必要时对岩矿芯按顺序重新补充编号。
4、将厚透明塑料布剪成长140cm、宽50cm的长方形，然后将整理好的岩矿芯按顺序依次排放在上面，并将岩芯牌、分样牌等依次摆放好，紧密包裹好后用宽透明胶从头到尾粘好。
5、将包裹好的岩矿芯放入岩芯箱内，每一层岩芯均按孔深自浅而深从左至右排列。岩芯箱外侧标明矿区名称、孔号、孔深自xx米至xx米、回次号、箱号。
6、岩芯箱加盖封闭。
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